Il nome deriva dalla parola portoghese marmelo, per mela cotogna (dal greco melimelon "mela di miele" ). Diffusa in quasi ogni paese, ha generato una serie di leggende sulla sua origine, che spesso coinvolgono personaggi reali come Elisabetta d'Inghilterra o Caterina de' Medici. In realtà, già gli antichi greci conservavano le mele cotogne cuocendole lentamente con miele. Osservando come il composto ottenuto si solidificasse durante il raffreddamento, avevano scoperto l'azione della pectina.
Diversi documenti attestano che la marmellata veniva preparata già nel medioevo in modo del tutto simile a quello attuale.
Una preparazione affine è quella della canditura (riduzione per osmosi di acqua aumentando il contenuto di zucchero del 70%) della frutta o della verdura.
Il risultato della canditura (frutti canditi) era considerata un regalo principesco nello stesso periodo medievale.
E' tuttavia probabile che entrambe le tecniche siano ben più antiche: la cottura e, insieme, la presenza dello zucchero assicurano una lunga conservazione della frutta, altrimenti impossibile in epoche prive di sistemi di refrigerazione.